COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.274310
2021-06-22 17:00:00 1.718991 2.260976 2.290456
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.385719
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.467489
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.540508
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.628834
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 2.728081

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 2.139982
2021-06-22 17:00:00 1.160714 2.232143 2.167846
2021-06-21 17:00:00 2.512563 2.101968 2.207379
2021-06-20 17:00:00 1.749838 1.749838 2.193695
2021-06-19 17:00:00 1.715686 3.130590 2.231246
2021-06-18 17:00:00 1.781896 1.781896 2.274026
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.343541

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 5.836929
2021-06-22 17:00:00 5.306122 4.513889 6.156800
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.428571 5.977104
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 6.198191
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 6.148394
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 6.338531
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 6.550133

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 2.626421 2.626421 2.590319
2021-06-22 17:00:00 0.714586 2.774275 2.561397
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.925283 2.613784
2021-06-20 17:00:00 3.716449 2.511628 2.673574
2021-06-19 17:00:00 4.946524 2.963458 2.752000
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 2.817540
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 2.903756

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 7.801129
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 8.203718
2021-06-21 17:00:00 12.449799 12.449799 8.518137
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 7.977588
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 7.141509
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.449601
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 5.833510

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.915201
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 4.751203
2021-06-21 17:00:00 9.782609 9.782609 5.124000
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 5.394188
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 5.572109
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 5.855619
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.122444

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.253399
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.283831
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.192957 1.270637
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.294001
2021-06-19 17:00:00 0.918555 1.447178 1.392365
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.455845
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.596250

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.967867
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 2.996921
2021-06-21 17:00:00 3.347478 3.347478 3.021854
2021-06-20 17:00:00 2.375131 2.375131 3.095565
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.196459
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.300989
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.430002

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.817996 1.178525
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.162915
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.166242
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.157468
2021-06-19 17:00:00 7.909605 1.145194 1.180363
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.167346
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.205598

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.236918
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.272728
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.693371 1.271734
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.333188
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.528758 1.387731
2021-06-18 17:00:00 0.859793 0.859793 1.450224
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 1.547198

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.626345
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.640183
2021-06-21 17:00:00 0.000000 1.439496 1.590169
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.664638
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.745619
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 1.854402
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 1.976703

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 1.254351
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.375637
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.405596
2021-06-20 17:00:00 2.558635 2.558635 1.411662
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.422398
2021-06-18 17:00:00 2.090592 3.208556 1.378908
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.043025 1.357397

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 4.658261
2021-06-22 17:00:00 1.587302 4.232804 4.662130
2021-06-21 17:00:00 4.545455 4.456825 4.500052
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 4.633293
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 4.954560
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 4.753872
2021-06-17 17:00:00 8.154506 3.648069 4.773601

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.832615
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.859076
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.324939 0.841766
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.521512 0.895457
2021-06-19 17:00:00 0.849257 0.849257 0.936940
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.067540
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.157969

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 1.012628
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 1.046995
2021-06-21 17:00:00 0.920387 0.920387 1.126652
2021-06-20 17:00:00 0.822499 0.822499 1.182103
2021-06-19 17:00:00 0.876145 0.876145 1.242632
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.344140
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.467874

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 4.524828
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.859747
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 4.843028
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 5.057449
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 5.382165
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 5.650324
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 5.774677

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.602362
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.227964 0.653559
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.692042 0.750447
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.783348
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 0.839933
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 0.890525
2021-06-17 17:00:00 0.147493 0.147493 0.917679

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 4.021418
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.960033
2021-06-21 17:00:00 3.591044 6.991973 4.013807
2021-06-20 17:00:00 5.308691 5.308691 4.081410
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 4.179983
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.260837
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.356852

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.250947
2021-06-22 17:00:00 0.519967 1.185524 1.255010
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.954806 1.289877
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.380176 1.367541
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.471831
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.570280
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.692688

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.416856 2.537006
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 2.627015
2021-06-21 17:00:00 1.428571 1.428571 2.645637
2021-06-20 17:00:00 6.699752 2.977667 2.670980
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 2.797040
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 2.843042
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.012535

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.504440
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.552925
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.579078
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.951220 1.545015
2021-06-19 17:00:00 1.657459 1.657459 1.553061
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.612856
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.658407

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.732057
2021-06-22 17:00:00 4.109589 4.109589 2.841862
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.394672 3.036121
2021-06-20 17:00:00 1.893664 1.893664 3.259026
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 3.436230
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 3.656638
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 3.879126

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.792115 1.792115 2.139982
Basilicata 4.109589 4.109589 5.836929
Calabria 2.626421 2.626421 2.590319
Campania 7.580979 7.580979 7.801129
Emilia-Romagna 3.260225 3.260225 4.915201
Friuli Venezia Giulia 0.903614 0.903614 1.253399
Lazio 2.898984 2.898984 2.967867
Liguria 0.200401 0.817996 1.178525
Lombardia 1.179755 1.179755 1.236918
Marche 1.090909 1.090909 1.626345
Molise 0.402414 0.402414 1.254351
P.A. Bolzano 4.830918 4.830918 4.658261
P.A. Trento 1.369863 1.369863 0.832615
Piemonte 1.123348 1.123348 1.012628
Puglia 4.538905 4.538905 4.524828
Sardegna 0.834879 0.834879 0.602362
Sicilia 3.938185 3.938185 4.021418
Toscana 1.082720 1.082720 1.250947
Umbria 2.152080 3.416856 2.537006
Valle d'Aosta 1.030928 1.030928 1.504440
Veneto 2.323376 2.323376 2.732057

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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